Reichsstift Kaisheim - Pflegamt Ammerfeld
Unter kaisheimischer Herrschaft wird in Ammerfeld ein Pflegamt eingerichtet. Der für die Verpflegung und Vorratshaltung verantwortliche Pfistermeister des Stifts übt gleichzeitig auch das Amt des Kastners für die Pflegämter Huisheim, Sulzdorf und Ammerfeld aus und zieht dort die Naturalabgaben der kaisheimischen Hintersassen ein (Kaisheim zentrale Überlieferung). Ammerfeld bleibt unter der Herrschaft des Klosters Kaisheim bis zur Säkularisierung und Klosterauflösung 1802 – also 350 Jahre lang.
In den Auseinandersetzungen zwischen den verfeindeten Parteien Bayern-Landshut und Bayern-Ingolstadt im 15. Jahrhundert sind durch erbitterte Kämpfe um die Grafschaft Graisbach zahlreiche Weiler und Einödhöfe im näheren Umfeld vollständig verschwunden. Ihre Namen leben nur noch als Flurnamen fort: z.B. der Hurnhof (oder Hirnhof?) im heutigen „Hirn“ zwischen Ammerfeld und Burgmannshofen oder Ried bei den Riedfeldern hinter Asbrunn (Chronik Trugenhofen).
Nach dem Landshuter Erbfolgekrieg 1504/05 werden im Jahr 1505 alle Rechte der ehemaligen Grafschaft Graisbach der neu gegründeten Jungpfalz zugesprochen, damit auch die Landeshoheit über das Kloster Kaisheim und dessen Besitz Ammerfeld.
1542 tritt der Landesherr Ottheinrich von der Pfalz-Neuburg zum evangelischen Glauben über und somit wird die Reformation im Fürstentum Pfalz Neuburg eingeführt.
1548 kommt der erste Pfarrer nach Ammerfeld.
1590 wird erwähnt, daß die Kinder vom Pfarrer unterrichtet werden. Ein Teil der Kinder geht jedoch nach Tagmersheim zur Schule.
Ab 1605 erscheinen die Namen Biber, Miller und Fridl im Kirchenbuch. Die Nachfahren dieser Familien leben noch heute in Ammerfeld.
1618 unter Wolfgang Wilhelm von der Pfalz-Neuburg wird Ammerfeld wieder katholisch.
Im Dreißigjährigen Krieg dezimieren Krieg und Pest die Einwohnerzahl stark. Im Pfarrbuch fehlen etliche Seiten aus dieser Zeit, daher sind die Schicksale der Ammerfelder im Einzelnen nicht überliefert. Auch die Zerstörung der Ammerfelder Burg fällt wohl in diesen Zeitraum.
Im Jahr 1704 zieht Ludwig von Baden bei seinem Rückzug von der Schlacht bei Blindheim mit 18000 Soldaten durch das Dorf und hinterläßt eine Spur der Verwüstung.
1737 entsteht die jetzige Pfarrkirche, nachdem die alte Kirche, die im Friedhof stand, zu klein wurde. Der Hauptaltar ist dem heiligen Quirinus, der linke der schmerzhaften Muttergottes und der rechte Seitenaltar Sankt Wendelin geweiht. Ammerfeld ist zu dieser Zeit ein berühmter Wallfahrtsort zur Gottesmutter und zum heiligen Wendelin. Viele Bauern und Viehbesitzer suchen das Gotteshaus auf, um Hilfe zu erbitten. Alte Bilder und Votivtafeln aus der Mitte des 18. Jahrhunderts künden von dieser Zeit. Noch heute kommen Pilger aus Schönfeld bei Eichstätt und aus Hütting, Landkreis Neuburg-Schrobenhausen, zum heiligen Wendelin nach Ammerfeld.
Aus dem 17. und 18. Jahrhundert existiert eine Reihe von Aufzeichnungen wegen diverser Streitigkeiten: es geht unter anderem um Weiderechte am Wechertshofschlag, um Branntweinausschank, Tabakverkauf und Hucklerei, um Weiderechte am Äußeren Riedschlag und die Teilung der Gemeindewälder Nagel, Kirengrist und Kayholz zwischen Ammerfeld und Emskeim (1733). (Kaisheim zentrale Überlieferung)
Von 1790 bis 1793 wird die Kirche in Asbrunn erneut aufgebaut.
Katasterauszüge aus der Zeit von 1780 – 1840 zeigen Hausnummern von 1 bis 34. Später entstandene Häuser werden mit Nr. 35 bis 40 belegt, wobei die Kirche nachträglich die Nr. 39 erhielt und das damalige Schulhaus (beim Stiegler) die Nr. 40.
Die Säkularisation bereitet dem in hohem Ansehen stehenden Reichsstift Kaisheim ein abruptes Ende. Am 29.10.1802 nimmt Kurbayern die Reichsabtei in seinen Besitz und errichtet eine Kurfürstliche Administration in Kaisheim. Diese übernimmt ein reiches Erbe: zu diesem Zeitpunkt besitzt die Abtei drei Güter mit ca. 2000 Tagwerk, sieben Weiher, 18 ganze und vier halbe Dörfer, 391 einzelne Höfe und Mühlen, 1320 Sölden, 29 Wirts- und Taglöhnerhäuser, 58 öffentliche und herrschaftliche Gebäude, 1629 Häuser im Ganzen, 18 Pfarreien, 14 Filialen, acht Benefizien, 12 Schulen und 9537 Untertanen auf sechs Quadratmeilen Gebiet. Den riesigen Waldbesitz vereinnahmte der Staats für sich selbst, das übrige Klostervermögen wurde stückweise versteigert (Markt Kaisheim).